介绍

LTR_Finder是一个在基因组序列中寻找全长LTR反转录转座子的有效程序。

该程序首先通过基于后缀数组的算法构造所有精确匹配对，并将它们扩展到长的高度相似的对。然后使用Smith-Waterman算法调整LTR对候选的末端以获得对齐边界。使用TG..CA框和TSR的支持信息重新调整这些边界，并选择可靠的LTR。接下来，LTR_Finder尝试通过内置的对齐和计数模块来识别LTR对中的PBS、PPT和RT。RT识别包括一个动态编程来处理帧移位。对于其他蛋白质结构域，LTR_Finder调用ps_scan（来自PROSITE，http://www.expasy.org/prosite/）以定位重要酶的核心（如果它们出现）。然后在此基础上构建可能的ORF。最后，该程序根据它们击中的信号和域的数量报告不同置信水平的可能的LTR反转录转座子模型。

关于LTR_Finder的更多信息请访问LTR_Finder官网。

语言：C++/C/Perl。

一句话描述：LTR_Finder是一个在基因组序列中寻找全长LTR反转录转座子的有效程序。

开源协议：MIT。