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示例1:MPI应用并行调试

本示例主要是演示如何使用鲲鹏编译调试工具的HPC并行应用调试功能,调试MPI应用,帮助用户基于该工具快速实现并行调试。

  1. 请从Github获取待使用的MPI程序源文件bcast_demo.c。

    下载的源码包为devkitdemo-devkitdemo-23.0.1.zip,解压后“Compiler_and_Debugger/mpi_demo/”路径下的bcast_demo.c作为MPI程序源文件,编译时mpicc编译命令后面加-g,生成带调试信息的可执行文件。

    mpicc -g bcast_demo.c -o bcast_demo
  2. 进入到鲲鹏DevKit插件,单击“开发”按钮,在编译调试区域单击“调试”,打开调试页面。
    图1 选择调试
  3. 选择“HPC并行应用”,配置MPI应用调试参数,参数说明如表1所示。
    图2 配置MPI应用调试参数
    表1 HPC并行应用调试参数说明

    参数

    说明

    远程服务器配置

    进行HPC并行应用调试的目标服务器。

    Linux用户名

    输入启动MPI应用的Linux用户名称。

    说明:

    root用户拥有最高权限,为了避免给系统带来不必要的风险,建议使用非root用户进行调试。

    Linux用户密码

    使用的Linux用户密码。

    SSH端口

    输入启动MPI应用的服务器SSH端口号。

    应用程序

    输入的MPI应用,支持动态检索并显示应用程序路径。

    请给Linux用户添加当前MPI应用的可读权限以及应用所在目录的可读、可写和可执行权限。
    说明:
    • MPI应用要为可执行文件。
    • 若MPI应用中无源码信息,则调试器默认以汇编形式进行调试。

    应用程序参数(可选)

    传递给应用程序运行的参数。

    请给Linux用户添加应用程序所在目录的可读、可写、可执行权限及应用程序所在目录父目录的可执行权限。

    应用程序源码路径

    源码和MPI应用存放的共享路径,支持动态检索并显示应用程序源码路径。

    1. 若MPI应用已配置共享路径,源码与MPI应用都应存放在共享路径下。
    2. 请给Linux用户添加当前MPI应用源码路径的可读、可执行权限及源码文件所在目录父目录的可执行权限。

    环境变量设置(可选)

    输入运行HPC并行应用所需要的环境变量,有以下3种方式可选择,可根据实际情况进行修改。

    • export PATH=$PATH:/path/to/mpi
    • source /configure/mpi/path/file
    • module load/mpi/modulefiles

    调试启动方式

    调试启动方式可选:

    • mpirun命令运行方式
    • 多瑙调度器运行方式
    • Slurm调度器运行方式
    说明:

    mpirun命令运行方式使用mpirun运行命令,mpirun是一个重要的工具,用作启动MPI并行应用程序,并提供进程之间的通信和清理工作等功能。

    多瑙调度器是华为全自研的HPC集群调度器,提供大规模集群下的高资源利用率、高吞吐量的作业调度能力。

    Slurm是一个开源的、高度可定制的、可扩展的、高性能的作业调度系统,它能够很好地提供资源管理和任务调度功能,广泛用于高性能计算、集群计算领域,如物理、化学、生物学、天文学等领域。

    MPI运行命令行

    输入的mpirun命令以及对应的命令参数,rank数目为1~2048。

    多瑙调度器运行命令行

    输入的多瑙调度器命令以及对应的命令参数。

    Slurm调度器运行命令行

    输入的Slurm调度器命令以及对应的命令参数

    OpenMP应用(可选)

    勾选后,需要输入OpenMP线程数。

    OpenMP线程数(可选)

    输入的OpenMP应用thread数量。

    死锁检测(可选)

    勾选后,需要输入死锁超时时间。

    死锁超时时间(s)(可选)

    死锁超时时间,默认为10秒,取值范围10~60。

  4. 参数填写完成后,单击“开始调试”,若右下角提示权限问题,如图3所示,请执行以下命令解决。
    图3 权限问题
    chmod 700 -R 目录名称/
  5. 再次单击“开始调试”,启动HPC并行应用调试并读取rank状态。
    图4 启动HPC并行应用调试
    图5 读取rank状态
  6. 在rank状态读取过程中,若rank状态读取全部成功,会自动跳转到MPI应用调试页面。页面上获取到运行和调试区、源码区和调试功能区,运行和调试区域包括调试信息区和rank信息区,如图6所示。
    图6 rank状态读取成功
  7. HPC并行应用调试支持三种调试粒度,分别为“全部”调试、“rank”调试或“通信组”调试。
    图7 选择调试方式
    表2 调试粒度说明

    调试方式

    效果

    全部

    在RANK信息区域选择“全部”方式进行调试,选择某一个rank,对其进行调试会应用到全部rank。

    rank

    在RANK信息区域选择“rank”方式进行调试,对单一rank进行调试。

    通信组

    在RANK信息区域选择“通信组”方式进行调试,选择通信组中的某一个rank,对其进行调试会应用到整个通信组。

  8. 可以单击调试功能区的操作按钮来调试MPI应用。
    表3 调试按钮操作描述

    操作

    操作描述

    继续

    点击执行到下一个断点

    暂停

    点击中断正在执行的程序

    单步跳过

    点击执行到下一行

    单步调试

    点击步入函数

    单步跳出

    点击步出函数

    重启

    点击后重新启动调试

    停止

    点击后停止调试

  9. RANK信息区域选择“全部”调试方式,在89行代码处、47行代码处和93行代码处打上断点,再继续执行后续操作。
  10. 选择“全部”调试方式,单击“继续”按钮,代码执行到89行,再单击“下一步”执行MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, color, rankNum, &row_comm)函数,该函数可将所有的rank进行通信分组。这里将4个rank生成2个通信子组,rank0、rank1在通信子组1,rank2、rank3在通信子组2。
    图8 生成2个通信子组

    MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, color, rankNum, &row_comm)是一个用于创建新的通信子组的函数。

    1. 第一个参数MPI_COMM_WORLD是通信组,在这个函数中,原始的通信组并没有消失,但是在每个进程中都会创建一个新的通信组;
    2. 第二个参数color确定每个rank将属于哪个新的通信子组;
    3. 第三个参数rankNum确定每个新通信组中的顺序(秩),传递rankNum最小值的进程将为0,下一个最小值将为1,以此类推;
    4. 第四个参数row_comm是MPI如何将新的通信子组返回给用户。
  11. 生成2个通信子组后,所有rank的源码执行到90行代码处,选择“通信组”调试方式,选择通信子组1中的rank0,单击“下一步”按钮,通信子组1中的所有rank代码执行到92行,通信子组2中的rank代码无变化,停留在90行。
    图9 调试通信子组1
    图10 未调试通信子组2
  12. 选择“通信组”调试方式,在左侧通信子组1中选择rank0,单击“继续”按钮,代码执行到47行,单击“下一步”按钮,执行MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)函数,函数执行完成后,通信子组1会一直处于等待状态,此时,在左侧通信子组2中选择rank2,单击“继续”按钮,代码执行到47行,单击“下一步”按钮,执行MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)函数,函数执行完成后,通信子组1不再等待,同步执行到49行代码处。
    图11 执行屏障函数
    • MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)函数,该函数是一个屏障函数,屏障域为MPI_COMM_WORLD,用于一个通信组中所有rank的同步,调用函数时rank将处于等待状态,直到通信子组中的所有rank都调用了该函数后才能继续执行。
    • 当通信子组1执行到MPI_Barrier函数时,由于采用的是“通信组”方式调试,通信子组2不会同步执行MPI_Barrier函数,通信子组1执行完函数后会一直处于等待状态,只有当通信子组2也执行MPI_Barrier函数后,通信子组1等待才会结束。
  13. 单击“”按钮,在VS Code面板中能看到通信子组的变化概览,每100ms显示通信子组的变化。通信子组的变化用不同颜色的菱形来区分,蓝色表示通信子组创建,紫色表示通信子组清除,黄色表示100ms内存在通信子组创建和通信子组清除。
    图12 查看通信子组变化概览

    若调试过程中若检测到死锁,会在通信子组变化面板页面提示通信组发生死锁,单击“查看详情”或“死锁”,显示死锁详细信息,如死锁状态图以及表格信息。表格展示rank、源进程(rank)、目标进程(rank)、标记、数据大小(byte)和调用栈信息。

  14. 选择“全部”调试方式,单击“继续”按钮,代码执行到93行,在单击“下一步”按钮,执行MPI_Comm_free(&row_comm)函数,当用户不再调试某一通信子组时,可以释放创建的通信子组,该函数能实现释放创建的通信子组。
    图13 释放通信子组
  15. 在左侧调试区域查看调试信息。
    图14 查看调试信息
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