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运行和验证

  • 运行时指定的进程数需要根据机器配置而改变。
  • 多节点运行时需要进行网络环境配置：
    • 在“ /etc/hosts”中添加多台机器的IP与hostname。
    • 配置多台机器间的SSH免密登录。
    • 关闭防火墙，并使客户端与服务器之前保持不断开状态。
  • NWChem提供多个算例，选择适合机器的算例，本指南运行时使用的算例为siosi5.nw。

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令进入算例文件夹。
    cd /path/to/NWCHEM/nwchem-6.8.1-release/web/benchmarks/dft
  3. 执行以下命令创建“hostfile”文件。
    1. 创建“hostfile”文件。 
      vi hostfile
    2. 按“i”进入编辑模式，新增如下内容。 
      Node1 
Node2

      Node1和Node2为运行代码的节点名称，依照实际情况修改，并保证节点相互可以Ping通。多台机器间的SSH免密登录。

    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
  4. 执行以下命令进行计算。
    • 单节点 
      mpirun --allow-run-as-root -N 8 -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH -mca btl ^openib nwchem siosi5.nw -v 2>&1 | tee NWChem_examples.log

      运行结果如下图所示。

    • 双节点 
      mpirun --allow-run-as-root -N 8 -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH -mca btl ^openib --hostfile hostfile nwchem siosi5.nw -v 2>&1 | tee NWChem_examples.log

      运行结果如下图所示。

      • “hostfile”表示指定使用的节点名字列表，此处以2节点为例。
      • “8”表示每个节点运行的进程数，请用户根据机器配置进行更改。
      • 需要查看“NWChem_examples.log”日志中的“Total times cpu”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。