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运行和验证

单节点

  1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令解压TEST41算例包。
    tar -zxf TEST41.tar.gz
  3. 执行以下命令进入TEST41算例目录。
    cd TEST41/NHC
  4. 执行以下命令进行算例的单节点运行。
    mpirun --allow-run-as-root -np 8 -mca btl ^openib DLPOLY.X

    -np参数为使用的总进程数，-N参数为每个节点使用的进程数，请用户根据机器配置进行调整。

    查看“OUTPUT”日志的指标“time elapsed since job start = XX seconds”，时间单位是“s”，数值越少性能越优。

    输出的结果样例如下图所示。

多节点

多节点运行时需进行网络环境配置：

  • 在“ /etc/hosts”中添加多台机器的IP与hostname。
  • 配置多台机器间的SSH免密登录。
  • 关闭防火墙，并使客户端与服务器之前保持不断开状态。
  1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令解压TEST41算例包。
    tar -zxf TEST41.tar.gz
  3. 执行以下命令进入TEST41算例目录。
    cd TEST41/NHC
  4. 执行以下命令创建“hostfile”文件并添加节点信息。
    echo -e 'node1\nnode2\n…\nnodex' > /path/to/HOSTFILE

    node1、node2、…、nodex分别为各节点的主机名，可通过命令hostname查询各主机名，“\n”为换行符。

  5. 在node2服务器节点窗口，配置环境变量所需环境变量。
    vi /root/.bashrc
export PATH=/opt/compiler/bisheng-compiler-1.3.1-aarch64-linux/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/compiler/bisheng-compiler-1.3.1-aarch64-linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/path/to/DL_POLY/dl_poly-RELEASE-1-10/execute:$PATH
export INCLUDE=/path/to/hypermpi/hmpi/include
export PATH=/path/to/hypermpi/hmpi/bin:/path/to/hypermpi/ucx/bin:$PATH
export OPAL_PREFIX=/path/to/hypermpi/hmpi/
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/hypermpi/hmpi/lib:/path/to/hypermpi/ucx/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  6. 执行以下命令进行算例的多节点运行。
    mpirun --allow-run-as-root -np 16 -N 8 -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH -x OMP_NUM_THREADS=1 --hostfile /path/to/HOSTFILE -mca btl ^openib DLPOLY.X

    -np参数为使用的总进程数，-N参数为每个节点使用的进程数。请用户根据机器配置进行调整。也可以不用指定这两个参数，机器会默认使用最大进程数运行。-x OMP_NUM_THREADS参数为指定使用的线程数。