介绍

STAR是一款超快的通用RNA-seq对准器。

【动机】

由于不连续的转录物结构、相对短的读取长度和测序技术不断增加的吞吐量，高吞吐量的RNA-seq数据准确比对是具有挑战性且尚未解决的问题。目前可用的RNA-seq对准器具有高映射错误率、低映射速度、读取长度限制和映射偏差等劣势。

【结果】

为了对齐大型（> 80亿读取）ENCODE转录组RNA-seq数据集，开发了基于先前未描述的RNA-seq比对算法的剪接转录物比对参考（STAR）软件，该算法在未压缩后缀中使用顺序最大可映射种子搜索数组后跟种子聚类和拼接程序。STAR在绘制速度方面优于对齐器的，在12核服务器上每小时与人类基因组对齐5.5亿个2×76 bp配对末端读数，同时提高对齐灵敏度和精确度。除了对标准连接的无偏检测外，STAR还可以发现非规范性剪接和嵌合（融合）转录本，并且还能够绘制全长RNA序列。使用Roche 454测序逆转录聚合酶链反应扩增子，通过实验验证了1960年新型基因间剪接点的成功率为80-90％，证实了STAR映射策略的高精度。

【可用性和实施性】

STAR是作为独立的C ++代码实现的。STAR是以GPLv3许可证分发的免费开源软件，可从http://code.google.com/p/rna-star/下载。

关于STAR的更多信息请访问STAR官网。

语言：C++。

一句话描述：RNA-seq对准器。

开源协议：GPL 3.0。