编译和安装
操作步骤
- 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
- 执行以下命令创建conda环境安装相关依赖。
conda create --name pyem --clone base conda activate pyem
- 执行以下命令安装FFTW依赖。
yum install fftw3 --installroot=/root/anaconda3/envs/pyem/lib/python3.8/site-packages wget http://fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz tar xvf fftw-3.3.8.tar.gz cd fftw-3.3.8 ./configure --prefix=/root/anaconda3/envs/pyem/lib/python3.8/site-packages/FFTW --enable-shared --enable-static --enable-fma --enable-neon make -j 32 make install pip3 install pyfftw --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple
- 执行以下命令安装healpy、pathos、natsort、numpy依赖。
conda update --all conda install -c conda-forge healpy pathos conda install natsort numpy==1.20.1
- 执行以下命令解压pyem安装包。
tar xvf pyem-0.5.tar.gz
- 执行以下命令进入解压后目录。
cd pyem-0.5
- 执行以下命令安装pyem。
pip3 install --no-dependencies -e .
安装成功后提示“Successfully installed pyem”。
- 执行以下命令修改“projection_subtraction.py”文件。