运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入源码安装目录。

   cd /path/to/MEGAHIT

3. 执行以下命令创建算例文件夹并进入。

   mkdir testcase && cd testcase

4. 将下载好的算例文件上传到当前目录。
5. 执行以下命令运行算例。

   megahit -t 128 --12 SRR1976948.abundtrim.subset.pe.fq.gz SRR1977249.abundtrim.subset.pe.fq.gz > megahit.log

   运行完成后查看megahit.log日志中的Time elapsed值，单位是“seconds”，数值越小性能越优。输出的结果样例如下所示。

   .
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   .
   2020-11-19 16:21:34 - Merging to output final contigs
   2020-11-19 16:21:34 - 3227 contigs, total 10298772 bp, min 200 bp, max 301573 bp, avg 3191 bp, N50 6898 bp
   2020-11-19 16:21:35 - ALL DONE. Time elapsed: 126.348002 seconds