运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令验证安装是否完成。

   cd /path/to/LTR_retriever/LTR_retriever-2.9.0
   ./LTR_retriever -h

   回显显示信息如下图所示。

   

3. 执行以下命令并运行。

   mkdir test && cd test
   wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-106/fasta/gallus_gallus/dna/Gallus_gallus.GRCg6a.dna.chromosome.16.fa.gz
   gunzip Gallus_gallus.GRCg6a.dna.chromosome.16.fa.gz
   mv Gallus_gallus.GRCg6a.dna.chromosome.16.fa Gallus.fa
   gt suffixerator -db genome.fa -indexname genome.fa -tis -suf -lcp -des -ssp -sds -dna
   gt ltrharvest -index genome.fa -minlenltr 100 -maxlenltr 7000 -mintsd 4 -maxtsd 6 -motif TGCA -motifmis 1 -similar 85 -vic 10 -seed 20 -seqids yes > genome.fa.harvest.scn
   LTR_retriever -genome genome.fa -inharvest genome.fa.harvest.scn

   回显显示信息如下图所示。