安装Bowtie2
- 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
- 执行以下命令删除HUMAnN自行安装的Bowtie2。
rm -rf /path/to/python-3.9.6/bin/bowtie2*
- 下载Bowtie2安装包。
下载地址:http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.2/bowtie2-2.4.2-linux-aarch64.zip
- 执行以下命令解压安装包。
unzip bowtie2-2.4.2-linux-aarch64.zip
- 执行以下命令修改配置文件。
- 打开配置文件。
vi /etc/profile
- 按“i”进入编辑模式,添加Bowtie2路径。
export PATH=/home/gcc-9.3.1-2020.12-aarch64-linux/bin:/usr/local/python-3.9.6/bin:/home/bowtie2-2.4.2-linux-aarch64:$PATH
- 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。
- 打开配置文件。
- 执行以下命令使配置文件生效。
source /etc/profile
- 执行以下命令验证Bowtie2是否安装成功。
bowtie2 -h
显示如下内容,表示安装成功。
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