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安装Bowtie2

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令删除HUMAnN自行安装的Bowtie2。
    rm -rf /path/to/python-3.9.6/bin/bowtie2*
  3. 下载Bowtie2安装包。

    下载地址:http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.2/bowtie2-2.4.2-linux-aarch64.zip

  4. 执行以下命令解压安装包。
    unzip bowtie2-2.4.2-linux-aarch64.zip
  5. 执行以下命令修改配置文件。
    1. 打开配置文件。
      vi /etc/profile
    2. 按“i”进入编辑模式,添加Bowtie2路径。
      export PATH=/home/gcc-9.3.1-2020.12-aarch64-linux/bin:/usr/local/python-3.9.6/bin:/home/bowtie2-2.4.2-linux-aarch64:$PATH
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。
  6. 执行以下命令使配置文件生效。
    source /etc/profile
  7. 执行以下命令验证Bowtie2是否安装成功。
    bowtie2 -h

    显示如下内容,表示安装成功。