介绍

HISAT2是一个快速灵敏的比对程序，用于将下一代测序读长（全基因组、转录组和外基因组测序数据）映射到人类基因组（以及单个参考基因组）。在对图的BWT进行扩展的基础上，设计并实现了图FM索引(GFM)，并给出了实现方法。除了使用一个代表一般人群的全局GFM索引外，HISAT2还使用了大量涵盖整个基因组的小型GFM索引。（每个索引代表一个56kbp的基因组区域，其中需要使用55,000个索引来覆盖整个人类）。这些小索引（称为本地索引）与若干比对策略相结合，可实现排序读长的有效比对。

关于HISAT2的更多信息请访问HISAT2官网。

语言：C++。

一句话描述：快速灵敏的比对程序。

开源协议：GPL 3.0。