运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入测试目录。

   cd /path/to/CASE

3. 执行以下命令解压算例文件。

   tar xvf water_GMX50_bare.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd water-cut1.0_GMX50_bare/0768

5. 执行以下命令生成“topol.tpr”文件。

   gmx_mpi grompp -f pme.mdp

6. 执行以下命令查看是否生成“topol.tpr”文件。

   ll topol.tpr

   若回显信息中存在“topol.tpr”文件，说明生成成功。

7. 执行以下命令运行GROMACS测试。

   mpirun --allow-run-as-root   -np 1  gmx_mpi mdrun -pin on  -ntomp 64 -v -nsteps 10000 -resetstep 8000  -noconfout  -pme gpu   -nstlist 400  -s topol.tpr

   需要查看日志文件md.log中的“Performance”中的“ns/day”数值，单位是“ns/day”，数值越高性能越优。

   测试结果样例如下信息所示。

                  Core t (s)   Wall t (s)        (%)
          Time:      915.374       14.303     6400.0
                    (ns/day)    (hour/ns)
   Performance:       24.175        0.993