编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入主程序安装目录。

   cd /path/to/GROMACS

3. 执行以下命令解压安装包。

   tar -xvf gromacs-2019.3.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后路径和创建“build”目录。

   cd gromacs-2019.3
   mkdir build

5. 执行以下命令修改配置文件。
   1. 打开配置文件。

      vi cmake/gmxManageNvccConfig.cmake

   2. 按“i”进入编辑模式，#注释第116、117、120和121行的内容。

      

      

      执行5.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令进行配置。

   sed -i '212s/return fftw_version;/return 0;/g' src/gromacs/utility/binaryinformation.cpp
   sed -i '214s/return fftwf_version;/return 0;/g' src/gromacs/utility/binaryinformation.cpp
   sed -i '457s/int fftwflags = FFTW_DESTROY_INPUT;/int fftwflags = 0;/g' src/gromacs/fft/fft5d.cpp
   sed -i '587s/FFTWPREFIX(cleanup)();/fftwf_cleanup_threads();/g' src/gromacs/fft/fft_fftw3.cpp
   cd build
   FLAGS="-march=armv8.2-a -mcpu=tsv110"; CFLAGS=$FLAGS CXXFLAGS=$FLAGS LDFLAGS="-fuse-ld=lld" CC=mpicc CXX=mpicxx \
   cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/GROMACS  \
   -DBUILD_SHARED_LIBS=on \
   -DBUILD_TESTING=on \
   -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=off \
   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=off \
   -DGMX_SIMD=ARM_NEON_ASIMD \
   -DGMX_DOUBLE=off \
   -DGMX_EXTERNAL_BLAS=on \
   -DGMX_EXTERNAL_LAPACK=on \
   -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
   -DGMX_BLAS_USER=/path/to/OPENBLAS/lib/libopenblas.a \
   -DGMX_LAPACK_USER=/path/to/OPENBLAS/lib/libopenblas.a \
   -DFFTWF_LIBRARY=/path/to/FFTW/lib/libfftw3f.so \
   -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/path/to/FFTW/include \
   -DGMX_GPU=on \
   -DGMX_OPENMP=on \
   -DGMX_X11=off  \
   -DGMX_MPI=on \
   -DHWLOC_LIBRARIES=/usr/lib64 \
   -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda \
   ../

7. 执行以下命令开始编译。

   make -j40 V=1
   make -j40 install

8. 执行以下命令查看是否生成可执行文件。

   ll /path/to/GROMACS/bin/gmx_mpi

   若回显信息中存在“gmx_mpi”文件，说明生成成功。

9. 执行以下命令设置环境变量。

   export PATH=/path/to/GROMACS/bin:$PATH