运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令查看GMAP版本信息。

   gmap --verion

   回显显示如下类似信息，表示GMAP安装成功。

   

3. 执行以下命令解压算例。

   cd path/to/TESTCASE
   gzip -d human_g1k_v37.fasta.gz

4. 执行以下命令建立参考序列索引。

   mkdir human_index_home
   gmap_build -D /path/to/TESTCASE/human_index_home -d human_g1k_v37 human_g1k_v37.fasta

   

   • “-D”：索引路径。
   • “-d”：索引文件。
5. 执行以下命令进行比对。

   { time -p gmap -t 96 -D /path/to/TESTCASE/human_index_home -d human_g1k_v37 -f gff3_gene  human_g1k_v37.fasta; } 2>&1 |tee -a mapping_human.gff3

   

   “-f”输出文件为gff3_gene格式。

   生成文件“mapping_human.gff3”，则表示运行成功。