GATK4 非Spark模式运行

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令，BWA中“index”对“fasta”文件构建索引。

   bwa index -a bwtsw human_g1k_v37.fasta

3. 执行以下命令，BWA中“mapping”对“fastq”文件进行比对。

   gatk CreateSequenceDictionary -R human_g1k_v37.fasta -O human_g1k_v37.dict
   bwa mem -M -t 64 human_g1k_v37.fasta SRR742200_1.fastq SRR742200_2.fastq > SRR7.sam

4. 执行以下命令，Reorder对基因序列进行重新排序。

   gatk ReorderSam -I SRR7.sam -O SRR7_reorder.bam -R human_g1k_v37.fasta

5. 执行以下命令，Sort对基因序列按照坐标顺序从大到小排序。

   gatk SortSam -I SRR7_reorder.bam -O SRR7_sorted.bam --SORT_ORDER coordinate

6. 执行以下命令，Add head对基因序列进行加头处理。

   gatk AddOrReplaceReadGroups -I SRR7_sorted.bam -O SRR7_addhead.bam -LB lib1 -PL illumina -PU unit1 -SM 20

7. 执行以下命令，Mark Duplicates对基因序列去重。

   gatk MarkDuplicates -I SRR7_addhead.bam -M test.metric -O SRR7_markdup.bam

8. 执行以下命令，BQSR进行重新校准。
   1. 对“fasta”参考文件进行重新排列生成“fai”文件。

      samtools faidx human_g1k_v37.fasta > human_g1k_v37.fai

   2. 给“vcf”文件加“index”。

      gatk IndexFeatureFile -F dbsnp132_20101103.vcf
      gatk BaseRecalibrator -I SRR7_markdup.bam --known-sites dbsnp132_20101103.vcf -O SRR7_bqsr.bam -R human_g1k_v37.fasta
      gatk ApplyBQSR -bqsr SRR7_bqsr.bam -I SRR7_markdup.bam -O SRR7_aybqsr.bam

9. 执行以下命令，进行HaplortypeCaller变异流程检测。

   gatk HaplotypeCaller -I SRR7_aybqsr.bam -O SRR7_raw.vcf -R human_g1k_v37.fasta