运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入算例目录。

   cd /path/to/FASTP/testdata

3. 执行以下命令解压算例文件。

   gzip -d ERR1044518_1.fastq.gz
   gzip -d ERR1044518_2.fastq.gz

4. 执行以下命令，运行算例。

   { time fastp -i ERR1044518_1.fastq -I ERR1044518_2.fastq -w 16 ; } 2>&1 |tee fastp.log

   运行完成后，将回显以下信息。

   Duplication rate: 0.581538%
   Insert size peak (evaluated by paired-end reads): 169
   JSON report: fastp.json
   HTML report: fastp.html

   

   fastp支持多线程运行，“-w”指定线程数，但最多使用16个线程。

   运行完成后会生成“fast.json”和“fast.html”两份报告，可以通过“-j”和“-h”参数分别指定两个文件的路径和名称。

   更多参数信息可以使用fastp --help命令查看。