编译和安装

操作步骤

1. 执行以下命令，清理环境。

   yum erase `yum list installed |grep boost|awk {'print $1'}` -y

2. 执行以下命令，安装依赖。

   yum install -y libcurl libcurl-devel openssl openssl-devel zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel

3. 执行以下命令，设置环境变量。

   export CPLUS_INCLUDE_PATH=$CPLUS_INCLUDE_PATH:/path/to/boost/include
   export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/path/to/boost/lib
   export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/to/boost/lib

4. 执行以下命令，解压Delly和htslib安装包。

   cd /path/to/DELLY && tar -zxf v0.8.5.tar.gz && tar -zxf 1.10.2.tar.gz

5. 执行以下命令，将htslib的源码移动到Delly源码下的“src/htslib”目录里。

   mv htslib-1.10.2/* delly-0.8.5/src/htslib/

6. 执行以下命令，修改“Makefile”文件。

   cd /path/to/DELLY/delly-0.8.5
   sed -i 's/g++/`which g++`/g' Makefile
   sed -i 's/\.\/configure/CC=`which gcc` CXX=`which g++` \.\/configure/g' Makefile
   sed -i 's/O3/O3 -std=c++11 -march=armv8.2-a -mtune=tsv110/g' Makefile

7. 执行以下命令，进行编译。

   CC=`which gcc` CXX=`which g++` make PARALLEL=1 all

   

   参数“PARALLEL=1”为开启多线程模式，不要此参数则不开启多线程模式。

8. 执行以下命令，加载环境变量。

   export PATH=/path/to/DELLY/delly-0.8.5/src:$PATH