编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令设置环境变量。

   export PATH=/path/to/GNU/bin:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/GNU/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
   export PATH=/path/to/OPENMPI/bin:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/OPENMPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH

3. 执行以下命令解压AmberTools安装包。

   cd /path/to/AMBER
   tar -xvf AmberTools19.tar.bz2

4. 执行以下命令将FFTW3下的“config.guess”和“config.sub”脚本全部更新网址里内容。

   cd /path/to/AMBER/amber18/AmberTools/src/fftw-3.3
   http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD
   vi config.guess
   http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD
   vi config.sub

5. 执行以下命令将xblas下的“config.guess”和“config.sub”脚本全部更新网址里内容。

   cd /path/to/AMBER/amber18/AmberTools/src/xblas/config
   http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD
   vi config.guess
   http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD
   vi config.sub

6. 执行以下命令进行串行编译安装。

   cd /path/to/AMBER/amber18
   ./configure --skip-python -nosse gnu
   test -f /path/to/AMBER/amber18/amber.sh && source /path/to/AMBER/amber18/amber.sh
   make install

7. 执行以下命令执行串行测试。

   make test

8. 执行以下命令进行并行编译安装。

   cd /path/to/AMBER/amber18
   ./configure --skip-python -nosse -mpi gnu
   make install
   export DO_PARALLEL="mpirun --allow-run-as-root -np 96 -mca btl ^openib"
   ./configure --skip-python -nosse -openmp gnu
   make openmp