运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令解压算例包。

   tar xvf test-data.tar.gz

3. 执行以下命令切换目录并进行Abyss组装。

   cd /path/to/TESTCASE
   abyss-pe k=25 name=test in='reads1.fastq reads2.fastq'

4. 上述步骤完成后，只能单进程运行，不支持并行，执行多进程会报错（如下图），并行需要下面的步骤修改文件。

   

   1. 执行以下命令切换路径到Abyss安装路径下，找到“abyss-pe”文件。

      cd /path/to/ABYSS/bin

   2. 执行以下命令修改“abyss-pe”文件。
      1. 打开“abyss-pe”文件。

         vi abyss-pe

      2. 按“i”进入编辑模式，修改”abyss-pe”的第543行和551行，添加“--allow-run-as-root -mca coll_hcoll_enable 0”。

         $(gtime) $(mpirun) --allow-run-as-root -mca coll_hcoll_enable 0 -np $(np) abyss-paired-dbg-mpi $(abyssopt) $(ABYSS_OPTIONS) -o $*-1.fa $(in) $(se)
         $(gtime) $(mpirun) --allow-run-as-root -mca coll_hcoll_enable 0 -np $(np) ABYSS-P $(abyssopt) $(ABYSS_OPTIONS) -o $@ $(in) $(se)

      3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
   3. 执行以下命令切换目录，并行执行Abyss组装。

      cd /path/to/TESTCASE/

      

      “name”参数是生成文件的前缀，运行结束后，会生成很多文件，其中“test-contigs.fa”和“test-scaffolds.fa”分别对应contig和scaffold的结果。

      运行结果回显信息如下所示。

      n       n:1000  L50     min     N80     N50     N20     E-size  max     sum     name
      756     19      6       1315    1752    3094    4947    3141    6122    47778   n=10 s=1000
      757     20      7       1315    1700    2214    4947    2991    6122    47778   n=10 s=2000
      759     22      9       1315    1700    2205    3191    2385    4066    47789   n=10 s=5000
      759     22      9       1315    1700    2205    3191    2385    4066    47789   n=10 s=10000
       
      Best scaffold N50 is 3094 at n=10 s=1000.
       
      n       n:1000  L50     min     N80     N50     N20     E-size  max     sum     name
      756     19      6       1315    1752    3094    4947    3141    6122    47778   n=10 s=1000
      PathConsensus  --dot -k25  -p0.9  -s test-7.fa -g test-7.dot -o test-7.path test-6.fa test-6.dot test-6.path
      Ambiguous paths: 3
      Merged:          0
      No paths:        3
      Too many paths:  0
      Too complex:     0
      Dissimilar:      0
      cat test-6.fa test-7.fa \
              |MergeContigs   -k25 -o test-8.fa - test-7.dot test-7.path
      The minimum coverage of single-end contigs is 2.28.
      The minimum coverage of merged contigs is 3.83248.
      Consider increasing the coverage threshold parameter, c, to 3.83248.
      ln -sf test-8.fa test-scaffolds.fa
      PathOverlap --overlap   -k25 --dot test-7.dot test-7.path >test-8.dot
      ln -sf test-8.dot test-scaffolds.dot
      abyss-fac   test-unitigs.fa test-contigs.fa test-scaffolds.fa |tee test-stats.tab
      n       n:500   L50     min     N80     N50     N20     E-size  max     sum     name