运行和验证

  • 运行时指定的进程数需要根据服务器配置而改变。
  • 多节点运行时需要进行网络环境配置:
    • “/etc/hosts”中添加多台服务器的IP与hostname。
    • 配置多台服务器间的SSH免密登录。
    • 关闭防火墙,并使客户端与服务器之前保持不断开状态。

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行下列命令,将源码包中Tests目录复制到算例目录。

    cd /path/to/SIESTA
    cp -r ./siesta-4.0.2/Tests /path/to/TESTCASE

  3. 执行下列命令,进入算例目录。

    cd /path/to/TESTCASE/Tests/h2o

  4. 执行以下命令配置运行文件。

    1. 打开运行文件。
      vi ../test.mk
    2. 按“i”进入编辑模式,修改第10行的内容。
      • 单节点运行时
        SIESTA= time -p mpirun --allow-run-as-root -np 8 /path/to/SIESTA/siesta-4.0.2/kpgcc_hmpi_compiler/siesta
      • 多节点运行时
        SIESTA= time -p mpirun --allow-run-as-root -x PATH=$(PATH) -x LD_LIBRARY_PATH=$(LD_LIBRARY_PATH) --hostfile /home/hostfile -np 16 -N 8 /path/to/SIESTA/siesta-4.0.2/kpgcc_hmpi_compiler/siesta
        表1 参数说明

        参数

        说明

        -np

        测试使用过的总进程数。

        -N

        每个服务器上运行的进程数。

        --hostfile

        使用的节点名称。

    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  5. 执行以下命令创建“host”文件。

    1. 创建“host”文件。
      cd /home
      vi hostfile
    2. 按“i”进入编辑模式,新增如下内容。
      node1
      node2

      node1 node2为服务器的主机名。

    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  6. 执行以下命令运行SIESTA算例。

    cd /path/to/TESTCASE/Tests/h2o
    make
    • 单节点运行结果

    • 多节点运行结果