运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令设置NAMD执行文件的环境变量。

   export PATH=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/:$PATH

3. 执行以下命令进入测试算例存放目录。

   cd /path/to/CASE

4. 执行以下命令解压算例文件。

   tar -xf apoa1.tar.gz

5. 执行以下命令修改算例文件。
   1. 打开算例文件。

      vi apoa1/apoa1.namd

   2. 按“i”进入编辑模式，将如下内容添加至“apoa1/apoa1.namd”文件的最后。

      FFTWEstimate yes
      FFTWUseWisdom no

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

6. 执行以下命令运行测试。

   cd apoa1
   mpirun --allow-run-as-root --mca btl ^openib -np 1 namd2 +ppn 32 apoa1.namd +setcpuaffinity 2>&1 |tee -a namd.log

7. 若需要多节点测试，则执行以下命令先创建“hostfile”文件。
   1. 创建“hostfile”文件。

      vi hostfile

   2. 按“i”进入编辑模式，编辑如下内容。

      Node1
      Node2

      

      Node1和Node2为主机名，请依照实际情况修改，并保证节点相互可以Ping通。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

8. 若是多节点测试，则执行以下命令进行测试。

   time mpirun --allow-run-as-root -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH --hostfile hostfile --mca btl ^openib -np 2 -N 1 namd2 +ppn 32
   apoa1.namd +setcpuaffinity 2>&1 |tee -a namd.log

   参数	说明
   -np	测试使用的总进程数。
   -N	每个服务器上运行的进程数。
   --hostfile	使用的节点名字。

   测试结果如下图所示。