操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
执行以下命令进入安装目录。
```
cd /path/to/NAMD
```
执行以下命令创建并进入主程序安装目录。
```
mkdir NAMD-2.13
cd NAMD-2.13
```
执行以下命令创建“build”目录。
```
mkdir build install
```

执行以下命令进行配置。

export BUILD_DIR=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/build
export INSTALL_DIR=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/install

执行以下命令设置编译器环境变量（若设置失败可使用绝对路径）。
```
export CC=mpicc
export CXX=mpicxx
export FC=mpif90
```
执行以下命令进入“build”文件夹。
```
cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build
```
将Charm压缩包上传至“build”文件夹下。

执行以下命令安装Charm。

tar -xvf charm-6.9.0.tar.gz
cd charm-6.9.0
mkdir ${INSTALL_DIR}/charm690/
cp src/arch/mpi-linux-x86_64 src/arch/mpi-linux-arm8 -rf
grep -rl 'm64' src/arch/mpi-linux-arm8 | xargs sed -i 's/\-m64//g'
./build charm++ mpi-linux-arm8 smp --with-production --destination=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/install/charm690/mpi-linux-arm8

执行以下命令进入“build”文件夹。
```
cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build
```
执行以下命令解压NAMD安装包。
```
tar -zxvf NAMD_2.13_Source.tar.gz
```
执行以下命令进入解压后目录。
```
cd NAMD_2.13_Source
```
执行以下命令进行Linux-ARM64.fftw3更名。
```
cp arch/Linux-x86_64.fftw3 arch/Linux-ARM64.fftw3
```
执行以下命令进入“NAMD-2.13”目录。
```
cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13
```
利用SFTP工具上传tcl压缩包至当下目录。

执行以下命令解压tcl文件。

tar -xzvf tcl8.5.9-linux-arm64-threaded.tar.gz

执行以下命令修改“Make.charm”文件。
1. 打开“Make.charm”文件。
```
cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
vi Make.charm
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。
```
CHARMBASE = /path/to/NAMD/NAMD-2.13/install/charm690
```
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令修改“Linux-ARM64-g++.arch”文件。

打开“Linux-ARM64-g++.arch”文件。

cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
vi arch/Linux-ARM64-g++.arch

按“i”进入编辑模式，编辑如下内容。

NAMD_ARCH = Linux-ARM64
    CHARMARCH = mpi-linux-arm8
    #FLOATOPTS = -O2 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer -mcpu=cortex-a9 -mtune=cortex-a9
    FLOATOPTS = -O2 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer 
    CXX = clang++
    CXXOPTS = $(FLOATOPTS)
    CXXNOALIASOPTS = $(FLOATOPTS) -fno-strict-aliasing
    CC = clang
    COPTS = $(FLOATOPTS)

按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令配置NAMD。

./config Linux-ARM64-g++ --with-fftw3 --fftw-prefix /path/to/FFTW --with-tcl --tcl-prefix /path/to/NAMD/NAMD-2.13/tcl8.5.9-linux-arm64-threaded --charm-arch mpi-linux-arm8

执行以下命令进入“Linux-ARM64-g++”目录。
```
cd Linux-ARM64-g++
```
执行以下命令编译安装NAMD。
```
make
```
执行以下命令查看是否生成可执行文件。
```
ls /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/namd2
```
若有“namd2”文件，则表示编译成功。

编译和安装

操作步骤