编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入Lammps安装包所在目录。

   cd  /path/to/LAMMPS

3. 执行以下命令解压Lammps安装包。

   tar -xvf lammps-5Jun2019.tar.gz

4. 执行以下命令进入“src”目录。

   cd lammps-5Jun19/src

5. 执行以下命令修改“MAKE/Makefile.mpi”文件。
   1. 打开“MAKE/Makefile.mpi”文件。

      vi MAKE/Makefile.mpi

   2. 按“i”进入编辑模式，修改“MAKE/Makefile.mpi”文件中CCFLAGS、LINKFLAGS、FFT_INC、FFT_PATH、FFT_LIB 这5行的内容。

      CC = mpicxx
      CCFLAGS = -g -O3 -I/path/to/BISHENG/include/c++/v1 -L/path/to/BISHENG/lib -std=c++11 -stdlib=libc++ -lc++ -lc++abi
      SHFLAGS = -fPIC
      DEPFLAGS = -M
      LINK = mpicxx
      LINKFLAGS =  -g -O -L/path/to/BISHENG/lib -std=c++11 -stdlib=libc++ -lc++ -lc++abi
      LIB =
      SIZE = size
      ……
      ARCHIVE = ar
      ARFLAGS = -rc
      SHLIBFLAGS = -shared
      FFT_INC = -DFFT_FFTW -I/path/to/FFTW/include 
      FFT_PATH = -L/path/to/FFTW/lib  
      FFT_LIB = -lfftw3

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

6. 执行以下命令进行编译。

   make yes-KSPACE
   make yes-MPIIO
   make yes-MOLECULE
   make yes-MANYBODY
   make yes-USER-REAXC
   make mpi -j