安装hdf5

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令下载hdf5安装包。

    cd /path/to/hdf5
    wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.12/hdf5-1.12.0/src/hdf5-1.12.0.tar.gz

  3. 执行以下命令解压安装包。

    tar xf hdf5-1.12.0.tar.gz
    cd hdf5-1.12.0

  4. 执行以下命令生成makefile。

    CC=mpicc CXX=mpicxx FC=mpif90 F77=mpif90 ./configure --prefix=/path/to/hdf5 --enable-fortran --enable-static=yes --with-zlib=/usr/lib --enable-parallel --enable-shared CFLAGS="-O3 -fPIC -Wno-incompatible-pointer-types-discards-qualifiers -Wno-non-literal-null-conversion" FCFLAGS="-O3 -fPIC" LDFLAGS="-Wl,--build-id"

  5. 执行以下命令修改相关文件。

    sed -i '11835c wl="-Wl,"' libtool

  6. 执行以下命令编译安装。

    make -j
    make install

  7. 执行以下命令设置环境变量。

    export HDF5_PATH=/path/to/hdf5
    export PATH=${HDF5_PATH}/bin:$PATH
    export LD_LIBRARY_PATH=${HDF5_PATH}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
    export INCLUDE=${HDF5_PATH}/include:$INCLUDE