安装XIOS

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令创建XIOS安装目录。

    mkdir -p /path/to/XIOS

  3. 执行以下命令进入解压后的目录。

    cd /path/to/XIOS

  4. 执行以下命令下载XIOS源码。

    
    

    使用此命令前提是服务器必须配置为可使用Internet。

  5. 执行以下命令安装系统依赖库。

    yum install -y perl-lib* boost-*

  6. 执行以下命令进入解压后的目录。

    cd xios-1.0

  7. 执行以下命令修改“bld.cfg”文件。

    1. 打开“bld.cfg”文件。
      vi bld.cfg
    2. 按“i”进入编辑模式,修改“bld.cfg”文件,注意粗体部分。
      search_src           true
      src::zzz .
      #src::date $PWD/extern/boost/src/date_time
      src::blitz $PWD/extern/blitz/src
      src::netcdf $PWD/extern/netcdf4
      bld::lib xios
      bld::target libxios.a
      #bld::target generate_fortran_interface.exe
      #bld::target xios_server.exe test_client.exe parse_xml.exe test_complete.exe test_xios_interface.exe
      bld::exe_dep
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  8. 执行以下命令创建“arch-AARCH64_GNU_LINUX.env”配置文件。

    1. 创建“arch-AARCH64_GNU_LINUX.env”配置文件。
      vi arch/arch-AARCH64_GNU_LINUX.env
    2. 按“i”进入编辑模式,创建并编写“arch-AARCH64_GNU_LINUX.env”文件。

      根据实际的环境变量及依赖库安装路径。

      export HDF5_INC_DIR="/path/to/HDF5/include"
      export HDF5_LIB_DIR="/path/to/HDF5/lib"
       
      export NETCDF_INC_DIR="/path/to/NETCDF/include"
      export NETCDF_LIB_DIR="/path/to/NETCDF/lib"
       
      export BOOST_INC_DIR="/usr/include/boost/"
      export BOOST_LIB_DIR="/usr/lib64/"
       
      export BLITZ_INC_DIR="/path/to/BLITZ/include"
      export BLITZ_LIB_DIR="/path/to/BLITZ/lib"
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  9. 执行以下命令创建“arch-AARCH64_GNU_LINUX.fcm”配置文件。

    1. 创建“arch-AARCH64_GNU_LINUX.fcm”配置文件。
      vi arch/arch-AARCH64_GNU_LINUX.fcm
    2. 按“i”进入编辑模式,创建并编写“arch-AARCH64_GNU_LINUX.fcm”文件。

      根据实际的环境变量及依赖库安装路径。

      ################################################################################
      ###################        Projet xios - xmlioserver       #####################
      ################################################################################
       
      %CCOMPILER      mpicc
      %FCOMPILER      mpif90
      %LINKER         mpif90
       
      %BASE_CFLAGS    -ansi -w -D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0
      %PROD_CFLAGS    -O3 -DBOOST_DISABLE_ASSERTS
      %DEV_CFLAGS     -g -O2
      %DEBUG_CFLAGS   -g
       
      %BASE_FFLAGS    -D__NONE__
      %PROD_FFLAGS    -O3
      %DEV_FFLAGS     -g -O2
      %DEBUG_FFLAGS   -g
       
      %BASE_INC       -D__NONE__
      %BASE_LD        -lstdc++
       
      %CPP            cpp
      %FPP            cpp -P
      %MAKE           gmake
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  10. 执行以下命令创建“arch-AARCH64_GNU_LINUX.path”配置文件

    1. 创建“arch-AARCH64_GNU_LINUX.path”配置文件
      vi arch/arch-AARCH64_GNU_LINUX.path
    2. 按“i”进入编辑模式,创建并编写“arch-AARCH64_GNU_LINUX.path”文件。

      根据实际的环境变量及依赖库安装路径。

      NETCDF_INCDIR="-I /path/to/NETCDF/include"
      NETCDF_LIBDIR="-L /path/to/NETCDF/lib"
      NETCDF_LIB="-lnetcdff -lnetcdf"
       
      MPI_INCDIR="-I /path/to/OPENMPI/include"
      MPI_LIBDIR="-L /path/to/OPENMPI/lib"
      MPI_LIB="-lmpi"
       
      HDF5_INCDIR="-I /path/to/HDF5/include"
      HDF5_LIBDIR="-L /path/to/HDF5/lib"
      HDF5_LIB="-lhdf5_hl -lhdf5  -lz"
       
      BOOST_INCDIR="-I /usr/include/boost/"
      BOOST_LIBDIR="-L /usr/lib64/"
      BOOST_LIB=""
       
      BLITZ_INCDIR="-I /path/to/BLITZ/include"
      BLITZ_LIBDIR="-L /path/to/BLITZ/lib"
      BLITZ_LIB="-lblitz"
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  11. 执行以下命令进行第一次编译安装。

    cd /path/to/XIOS/xios-1.0
    chmod +x ./make_xios
    cd extern
    ln -s /path/to/BLITZ ./blitz
    ln -s /path/to/NETCDF ./netcdf4
    ln -s /usr/include/boost ./boost
    cd ..
    ./make_xios --dev --job 32 --full --arch AARCH64_GNU_LINUX

  12. 执行以下命令进行第二次编译安装。

    第一次编译执行后会报错,再执行一遍以下命令。

    cd extern
    rm -rf ./blitz
    rm -rf ./netcdf4
    rm -rf ./boost
    ln -s /path/to/BLITZ ./blitz
    ln -s /path/to/NETCDF ./netcdf4
    ln -s /usr/include/boost ./boost
    cd ..
    ./make_xios --dev --job 32 --full --arch AARCH64_GNU_LINUX