运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令创建工作目录。

   mkdir -p path/to/CASE

3. 执行以下命令进入工作目录。

   cd /path/to/CASE

4. 执行以下命令获取算例和二进制文件。

   wget https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/stmv.tar.gz
   wget https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.13/benchmarks/stmv_nve_cuda.namd

5. 执行以下命令解压“stmv.tar.gz”。

   tar xvf stmv.tar.gz

6. 执行以下命令把“stmv_nve_cuda.namd”文件拷贝到“stmv”目录下。

   cp stmv_nve_cuda.namd stmv

7. 执行以下命令运行算例, 开始测试。

   cd stmv
   /path/to/NAMD/NAMD_2.14_Source/Linux-ARM64-g++/namd2 +p96 +setcpuaffinity +maffinity +isomalloc_sync +devices 0,1 stmv_nve_cuda.namd

   需要查看日志中的“day/ns”数值，数值越小性能越优。