操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。

执行以下命令创建NAMD相关目录。

cd /path/to/NAMD
mkdir NAMD-2.13
cd NAMD-2.13
mkdir build install
export BUILD_DIR=`pwd`/build
export INSTALL_DIR=`pwd`/install

执行以下命令设置编译器环境变量。

export CC=`which gcc`
export CXX=`which g++`
export FC=`which gfortran`

执行以下命令编译安装CHARM。

cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build
tar -xvf charm-6.9.0.tar.gz
cd charm-6.9.0
mkdir ${INSTALL_DIR}/charm690/
cp src/arch/mpi-linux-x86_64 src/arch/mpi-linux-arm8 -rf
grep -rl 'm64' src/arch/mpi-linux-arm8 | xargs sed -i 's/\-m64//g'
./build charm++ mpi-linux-arm8 smp --with-production --destination=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/install/charm690/mpi-linux-arm8

执行以下命令解压NAMD安装包。

cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build
tar -zxvf NAMD_2.13_Source.tar.gz
cd NAMD_2.13_Source

执行以下命令创建“Linux-ARM64.fftw3”。
```
cp arch/Linux-x86_64.fftw3 arch/Linux-ARM64.fftw3
```

执行以下命令上传和解压“tcl”文件。

cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13
tar -xvf tcl8.5.9-linux-arm64-threaded.tar.gz

执行以下命令修改“Make.charm”文件。
1. 打开“Make.charm”文件。
```
cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
vi Make.charm
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。
```
CHARMBASE = /path/to/NAMD/NAMD-2.13/install/charm690
```
  将CHARMBASE的路径修改为CHARM的实际安装路径。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令修改“Linux-ARM64-g++.arch”文件。

打开“Linux-ARM64-g++.arch”文件。

cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
vi arch/Linux-ARM64-g++.arch

按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

NAMD_ARCH = Linux-ARM64 
CHARMARCH = mpi-linux-arm8 
 
#FLOATOPTS = -O2 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer -march=armv7-a -mcpu=cortex-a9 -mtune=cortex-a9 
FLOATOPTS = -O3 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer -march=armv8-a 
 
CXX = g++ -std=c++11 
CXXOPTS = $(FLOATOPTS) 
CXXNOALIASOPTS = $(FLOATOPTS) -fno-strict-aliasing 
 
CC = gcc 
COPTS = $(FLOATOPTS)

按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令配置NAMD。

./config Linux-ARM64-g++ --with-fftw3 --fftw-prefix /path/to/FFTW --with-tcl --tcl-prefix /path/to/NAMD/NAMD-2.13/tcl8.5.9-linux-arm64-threaded --charm-arch mpi-linux-arm8
cd Linux-ARM64-g++

执行以下命令编译安装NAMD。
```
make -j
```

执行以下命令查看是否生成可执行文件。

ll /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/namd2

-rwxr-xr-x 1 root root 16140248 Aug  7 15:50 namd2

编译和安装

操作步骤