编译和安装

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令创建主程序安装目录。

    mkdir -p /path/to/MITGCM

  3. 执行以下命令复制安装包至主程序安装目录。

    cp MITgcm_c67o.tar.gz /path/to/MITGCM

  4. 执行以下命令进入主程序安装目录。

    cd /path/to/MITGCM

  5. 执行以下命令解压安装包。

    tar -xvf MITgcm_c67o.tar.gz

  6. 执行以下命令进入解压后路径。

    cd MITgcm

  7. 执行以下命令配置相关文件。

    1. 进入“build_options”目录。
      cd tools/build_options
    2. 创建并编辑“Linux_arm64_gfortran”文件。
      1. 创建“Linux_arm64_gfortran”文件。
        vi linux_arm64_gfortran
      2. 按“i”进入编辑模式,添加如下内容。
        #!/bin/bash
        
        MPI='true'
        CC=mpicc
        FC=mpif77
        F90C=mpif90
        
        DEFINES='-DWORDLENGTH=4 -DNML_TERMINATOR -DALLOW_USE_MPI -DALWAYS_USE_MPI'
        EXTENDED_SRC_FLAG='-ffixed-line-length-132'
        F90FIXEDFORMAT='-ffixed-form'
        GET_FC_VERSION="--version"
        OMPFLAG='-fopenmp'
        
        NOOPTFLAGS='-O0 -g'
        NOOPTFILES=''
        
        CFLAGS='-O3 -march=armv8.2-a'
        FFLAGS="$FFLAGS -fconvert=big-endian -fimplicit-none"
        CFLAGS="$CFLAGS -fPIC"
        FFLAGS="$FFLAGS -fPIC"
        #-  with FC 19, need to use this without -fPIC (which cancels -mcmodel option):
        # CFLAGS="$CFLAGS -mcmodel=medium"
        # FFLAGS="$FFLAGS -mcmodel=medium"
        #- might want to use '-fdefault-real-8' for fizhi pkg:
        #FFLAGS="$FFLAGS -fdefault-real-8 -fdefault-double-8"
        
        if test "x$IEEE" = x ; then     #- with optimisation:
           #- full optimisation
            FOPTIM='-O3 -funroll-loops -march=armv8.2-a'
            NOOPTFILES="$NOOPTFILES ini_masks_etc.F"
           #- can use -O2 (safe optimisation) to avoid Pb with some gcc version of -O3:
           #FOPTIM='-O2 -funroll-loops'
        else
           # these may also be useful, but require specific gfortran versions:
           # -Wnonstd-intrinsics        for gfortran <= 4.3
           # -Wintrinsics-std           for gfortran >= 4.4
           # -Wno-tabs                  for gfortran >= 4.3
           # -Wno-unused-dummy-argument for gfortran >= 4.6
           #FFLAGS="$FFLAGS -Waliasing -Wampersand -Wsurprising -Wline-truncation"
           #- or simply:
            FFLAGS="$FFLAGS -Wall"
           #- to get plenty of warnings: -Wall -Wextra (older form: -Wall -W) or:
           #FFLAGS="$FFLAGS -Wconversion -Wimplicit-interface -Wunused-labels"
          if test "x$DEVEL" = x ; then  #- no optimisation + IEEE :
            FOPTIM='-O0'
          else                          #- development/check options:
            FOPTIM='-O0 -g -fbounds-check'
            FOPTIM="$FOPTIM -ffpe-trap=invalid,zero,overflow -finit-real=inf"
          fi
        fi
        
        F90FLAGS=$FFLAGS
        F90OPTIM=$FOPTIM
        
        # --------------------------
        # NETCDF DIRECTORIES
        # --------------------------
        HDF5_HOME=/path/to/HDF5
        NETCDF_HOME=/path/to/NETCDF
        
        INCLUDEDIRS=''
        INCLUDES="-I$NETCDF_HOME/include -I$HDF5_HOME/include"
        LIBS="-L$NETCDF_HOME/lib -lnetcdff -lnetcdf -L$HDF5_HOME/lib -lhdf5_hl -lhdf5"
        
        # -----------------------
        # INCLUDE MPI DIRECTORIES
        # -----------------------
        MPI_HOME=/path/to/OPENMPI-4.0.1
        MPI_INC_DIR=$MPI_HOME/include
        INCLUDES="$INCLUDES -I$MPI_HOME/include"
        INCLUDEDIRS="$INCLUDEDIRS $MPI_HOME/include"
        MPIINCLUDEDIR="$MPI_INC_DIR"
      3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  8. 执行以下命令,以exp4算例为例,进行编译安装。

    1. 进入相应目录。
      cd /path/to/MITGCM/MITgcm/verification/exp4/code
    2. “SIZE.h_mpi”重命名为“SIZE.h”,覆盖原始的“SIZE.h”文件。
      mv SIZE.h_mpi SIZE.h
    3. 进入相应目录。
      cd /path/to/MITGCM/MITgcm/verification/exp4/build
    4. 生成“makefile”文件。
      ../../../tools/genmake2 -mods=../code -mpi -of=../../../tools/build_options/linux_arm64_gfortran
    5. 编译安装。
      make depend
      make -j