运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令创建工作目录。

   mkdir -p path/to/CASE

3. 执行以下命令进入工作目录并将算例和二进制文件拷贝到工作目录。

   cd /path/to/CASE
   cp /path/to/LAMMPS/lammps-stable_5Jun2019/bench/in.lj  ./
   cp /path/to/LAMMPS/lammps-stable_5Jun2019/src/lmp_g++_openmpi ./

4. 执行以下命令运行。

   mpirun --allow-run-as-root -np 96  --mca btl ^openib  ./lmp_g++_openmpi -in in.lj

   需要查看“log.lammps”日志中的“Performance”数值，单位是“timesteps/s”，数值越高性能越优。

   测试结果样例如下所示。

   Performance: 593019.799 tau/day, 1372.731 timesteps/s
   98.1% CPU use with 96 MPI tasks x no OpenMP threads
   MPI task timing breakdown:
   Section |  min time  |  avg time  |  max time  |%varavg| %total
   ---------------------------------------------------------------
   Pair    | 0.028215   | 0.040367   | 0.051175   |   3.4 | 55.41
   Neigh  | 0.0036562  | 0.0049894  | 0.0061901  |   1.2 |  6.85
   Comm  | 0.013968   | 0.026072   | 0.039602   |   4.8 | 35.79
   Output  | 7.905e-05  | 0.000128   | 0.00023195  |   0.0 |  0.18
   Modify  | 0.00056847 | 0.00080538  | 0.00099514 |  0.0 |  1.11
   Other   |            | 0.0004857  |          |      |  0.67