运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入算例存放目录。

   cd /path/to/CASE

3. 执行以下命令解压算例文件。

   tar xvf water_GMX50_bare.tar.gz

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd water-cut1.0_GMX50_bare/0768

5. 执行以下命令生成“topol.tpr”文件。

   gmx_mpi grompp -f pme.mdp

6. 执行以下命令查看是否生成“topol.tpr”文件。

   ll topol.tpr

   -rw-r--r-- 1 root root 18448672 Jan 11 16:41 topol.tpr

7. 执行以下命令运行GROMACS测试。

   mpirun --allow-run-as-root --mca btl ^openib  -np 96 gmx_mpi mdrun -dlb yes -v -nsteps 10000 -resethway -noconfout -pin on -ntomp 1 -s topol.tpr

   需要查看日志文件md.log中的“Performance”中的“ns/day”数值，单位是“ns/day”，数值越高性能越优。

   测试结果样例如下信息所示。

   Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 1.1%.
   Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds: X 0 % Y 0 %
   Average PME mesh/force load: 1.033
   Part of the total run time spent waiting due to PP/PME imbalance: 2.1 %
                  Core t (s)   Wall t (s)        (%)
          Time:    14806.100      154.231     9600.0
                    (ns/day)    (hour/ns)
   Performance:        5.603        4.283
   GROMACS reminds you: "Come on boys, Let's push it hard" (P.J. Harvey)