运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入AMBER18自带的算例文件夹。

   cd /path/to/AMBER/amber18/AmberTools/benchmarks/nab

3. 执行以下命令修改“bench_amber”文件。
   1. 打开“bench_amber”文件。

      vi bench_amber

   2. 按“i”进入编辑模式，修改“bench_amber”文件。

      #!/bin/sh
      sander=sander.MPI
      cat<<EOF  > mdin
             benchmark a short md
      &cntrl
             igb=1, cut=20.0, rgbmax=20.0,
             tempi=50.0, temp0=100.0, tautp=0.4, ntt=1,
             ntb=0, nstlim=1000, ntpr=10,
             ntx=1, irest=0,
             ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001,
      /
      EOF
      $DO_PARALLEL $sander -O -i mdin -p $1.top -c $1.mc.x -o $1.md.o
      /bin/rm mdin restrt mdinfo

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

4. 执行以下命令进行并行计算。

   ./bench_amber halfam0

   需要查看“halfam0.md.o”日志中的“ns/day”数值，数值越大性能越优。

   输出的结果样例如下图1所示。

   图1 结果样例