安装HDF5

操作步骤

1. 获取HDF5源码包。

   下载地址：https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.20/src/hdf5-1.8.20.tar.gz

2. 将源码包上传至服务器HDF5源码包安装目录，如“/path/to/download/hdf5”。
3. 执行以下命令进入源码包安装目录。

   cd /path/to/download/hdf5

4. 执行以下命令解压软件包。

   tar -zxvf hdf5-1.8.20.tar.gz

5. 执行以下命令进入configure脚本所在目录。

   cd hdf5-1.8.20

6. 执行以下命令进行HDF5源码包安装。

   ./configure --prefix=/path/to/install/HDF5 --build=aarch64-unknown-linux-gnu --enable-fortran --enable-static=yes --enable-parallel --enable-shared  CC=mpicc CXX=mpicxx FC=mpifort F77=mpifort CFLAGS=-fPIC CXXFLAGS=-fPIC FCFLAGS=-fPIC

7. 执行以下命令修改当前目录下libtool文件。

   vi libtool

   将第10118行 wl=”” 修改为 wl=”-Wl,”

   将第10267行 wl=”” 修改为 wl=”-Wl,”

   各版本HDF5所在行可能不同，可以查找wl=””进行修改。

8. 执行以下命令编译安装。

   make -j 16
   make install

9. 执行以下命令设置的环境变量。

   export PATH=/path/to/install/HDF5/bin:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/install/HDF5/lib:$LD_LIBRARY_PATH